Excellence Ruralités ne décide pas ex nihilo de créer une école dans un lieu donné, elle accompagne des bénévoles qui souhaitent porter un projet d’école dans leur territoire. Au terme d’un processus de sélection et d’accompagnement de plusieurs mois, ces bénévoles constituent une association loi 1901 à but non lucratif qui administrera l’école (embauche et encadrement du directeur et des professeurs, recherche de fonds, communication locale, recrutement des élèves etc.). L’association de gestion passe une convention avec la fondation qui lui confère le label Excellence Ruralités.
L’école s’y engage à respecter la Charte des écoles Excellence Ruralités et à se coordonner avec le réseau sur les questions d’encadrement, de communication ou de levée de fonds. De son côté, Excellence Ruralités s’engage à apporter à l’école un soutien juridique, organisationnel, pédagogique et financier (au moins 33% de son budget de fonctionnement).